ふるさと納税と医療費控除の併用。寄附上限が下がる仕組みと申告の注意点
医療費控除とふるさと納税は併用できます。ただし、医療費控除で住民税の計算のもとになる所得が小さくなると、ふるさと納税の全額控除上限も下がることがあります。また、医療費控除のために確定申告をする場合、ふるさと納税も一緒に申告します。
医療費控除を入力して上限を試算し直し、確定申告にはワンストップ申請済みの分も含めて全寄附を記載します。上限が下がるからといって、必要な医療費控除を見送るという順序にはしないでください。
医療費控除額を先に計算する
医療費控除は、その年に支払った対象医療費から保険金などで補填される金額を差し引き、さらに10万円を差し引いて計算します。総所得金額等が200万円未満の場合は、10万円に代えて総所得金額等の5％を差し引きます。控除額の上限は200万円です。
「200万円未満」は所得控除後の課税所得ではありません。医療費の領収書の合計だけで計算せず、対象となる費用か、補填金があるかも確認します。
たとえば総所得金額等200万円以上、対象医療費30万円、補填金なしなら、医療費控除額は20万円です。これは20万円の税金が戻るという意味ではなく、所得から20万円を差し引く計算です。
ふるさと納税の上限が下がる仕組み
医療費控除は所得控除です。住民税所得割額が小さくなると、その20％を上限とするふるさと納税の特例控除枠も小さくなります。
税率が変わらず、ほかの条件も同じと仮定すると、医療費控除20万円により住民税所得割額が2万円減る例では、特例控除枠は4,000円減ります。所得税率20％の場合の寄附上限の減少目安は、4,000円÷（90％−20％×1.021）で約5,749円です。
所得税率の境目や住宅ローン控除などがある場合は、この差額だけでは求められません。「年収○万円なら一律○円下がる」という表より、自分の医療費控除を入れた前後の試算を比べる方が適しています。
医療費控除の申告でワンストップ特例は無効になる
医療費控除は年末調整では手続きできません。確定申告をすると、その年分のワンストップ特例は無効になります。申請済みの寄附も含め、すべての寄附を確定申告へ入力してください。
補填金も反映
申請済みの分も含める
両方の控除を入力
マイナポータル連携で取得できる医療費や寄附のデータは、入力を減らす助けになります。ただし、対象外・未取得のデータまで自動でそろうとは限りません。手入力との重複や、取得されていない費用・寄附を確認します。
住宅ローン控除やセルフメディケーション税制も使う場合
住宅ローン控除は税額控除のため、所得控除と同じ手順で単純に差し引くものではありません。住宅ローン控除の額と、所得税・住民税で控除できる範囲を含めて詳細に試算します。
セルフメディケーション税制は通常の医療費控除との選択適用です。適用する場合も所得控除が増えるため、ふるさと納税の上限試算へ反映します。対象医薬品や健康維持の取組などの要件は、その年の案内で確認してください。
すでに寄附した後なら
医療費が予想より増えた場合は、まず追加寄附を止めて再計算します。上限を超えた寄附を取り消せるとは限りませんが、超過分すべてが控除対象外になるとも限りません。医療費控除と寄附金控除を正しく申告し、翌年度の住民税も確認しましょう。
参考情報（2026年9月12日確認）
データ使用量に応じて料金が決まり、使いすぎた月でも上限が見えやすいのが強み。申し込み前に、専用ページ経由の特典を確認しておきましょう。
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