医療費控除はいくら戻る?10万円未満の計算と確定申告のやり方

医療費控除は、支払った医療費がそのまま戻る制度ではありません。

対象の医療費から保険金などを差し引き、一定額を超えた部分を所得から控除する仕組みです。

最初に確認するのは「家族の誰が治療を受けたか」だけでなく、「誰が実際に支払ったか」。

家族の領収書を集めて、所得の高い人へ自由に付け替えることはできません。

10万円未満でも対象になる場合、還付額の目安、申告までの手順を整理します。

医療費控除の対象になる人と支払い

自分または生計を一にする配偶者その他の親族のために、その年の1月1日から12月31日までに実際に支払った医療費が対象です。

共働き夫婦でも、夫が妻の対象医療費を負担したなら夫の控除に含められますが、妻が自分で支払った分を申告時だけ夫へ移すことはできません。

確認するもの 整理の仕方
対象年 治療を受けた年ではなく、原則として実際に支払った年。未払い分は含めない
支払者 口座やカードの明細も確認し、実際に費用を負担した人ごとに分ける
医療費の内容 治療のための診療費、対象となる医薬品、必要な通院費など。美容目的や健康増進目的の費用は区別する
補てん金 高額療養費、入院給付金などを、対応する医療費と組にして記録する

通院の公共交通機関の運賃など、領収書が出ない費用は日付、経路、受診者、金額を記録します。

自家用車のガソリン代や駐車場代まで同じ扱いにはできません。

判断に迷う治療費は、国税庁の対象医療費の案内で個別に確認しましょう。

控除額と還付額は違う。10万円未満でも確認する

医療費控除額を求める順番

1 対象医療費を集計

年間に実際に負担した、対象となる医療費を集めます。

2 対応する補てん金を引く

保険金などを差し引きます。
ある治療分の給付が余っても、別の医療費からは引きません。

3 基準額を引く

10万円と総所得金額等の5%のうち少ない方を引きます。
控除額は0円以上、最高200万円です。

基準になる「総所得金額等」は、給与の年収や手取りではありません。

給与だけの人も、源泉徴収票などから所得を確認します。

用語で迷う場合は収入、所得、手取りの違いを先に確認してください。

例 医療費控除額 税金への影響
対象医療費25万円、補てん金5万円、総所得金額等300万円 25万円-5万円-10万円=10万円 控除額10万円がそのまま還付されるわけではない
対象医療費8万円、補てん金なし、総所得金額等150万円 8万円-7万5,000円=5,000円 年間医療費が10万円未満でも控除の余地がある
入院費20万円、対応する給付金25万円、別の通院費12万円 入院費は差引0円。通院費12万円から基準額を引く 余った給付金5万円を別の通院費から引かない

1つ目の例で、控除によって減る所得に所得税率10%が適用されると仮定すると、所得税と復興特別所得税の減少は約1万210円です。

住民税の所得割が標準税率10%で同じ10万円だけ減る単純なケースなら、翌年度の住民税は約1万円軽くなります。

合計の軽減目安は約2万210円ですが、所得税の還付と住民税の軽減は時期も受け取り方も別です。

実際の税額は税率の境目、税額控除、すでに納めた税額などで変わります。

所得税を納めていない場合、所得税の還付はありません。
住民税だけに効果がある場合は市区町村の申告案内も確認します。

医療費控除を申告する5つの手順

領収書を集めてから送信するまで

1 支払った人を分ける

本人分と家族分をまとめる前に、誰が実際に負担したかを決めます。

2 医療費と給付金を整理

受診者と医療機関ごとに集計し、保険金の支払通知や高額療養費も確認します。

3 医療費通知と照合

マイナポータル連携を使う場合も、対象年、実際の負担額、記載のない費用を点検します。

4 明細書を作る

国税庁の確定申告書等作成コーナーで対象年を選び、給与などの所得と医療費を入力します。

5 送信結果と根拠を保存

申告データ、受付結果、明細、必要な領収書を対象年ごとに保管します。

医療費控除は年末調整では受けられません。

会社員も原則として確定申告が必要です。

申告義務がない人の還付申告は、対象年の翌年1月1日から5年間行えます。

ほかの所得によって確定申告の義務がある場合は、通常の申告期限に従います。

領収書を毎回申告書に添付する方式ではなく、医療費控除の明細書を提出し、領収書は原則として確定申告期限等から5年間保存します。

要件を満たす医療費通知を添付した分などは保存が不要になる場合があります。

ただし、マイナポータル画面の印刷やPDFの保存だけで、すべての領収書を捨ててよいわけではありません。

マイナポータル連携でも追加確認が必要なもの

  • 通知に載らない対象の市販薬、自由診療、通院交通費を漏らさない。
  • 医療費通知の金額と、助成などを受けた後の実際の自己負担額を照合する。
  • 自動取得した医療費を、手入力でもう一度追加しない。
  • 家族の情報を取得できても、その全額を自分の控除にできるとは限らない。
  • 申告時に補てん金が未確定なら見込額を使い、確定後に差額が出た場合は訂正手続きを確認する。

2026年8月からの高額療養費の年間上限は8月から翌年7月で判定するため、医療費控除の暦年とずれます。年間上限の還付と医療費控除を年またぎで整理する方法も確認してください。

ふるさと納税と市販薬の控除を使うときの注意

医療費控除のために確定申告をすると、ふるさと納税のワンストップ特例は無効になります。

その年の対象となる寄附を、確定申告にすべて含めましょう。

医療費控除によって、自己負担2,000円で済む寄附上限の目安が下がる点にも注意が必要です。

通常の医療費控除とセルフメディケーション税制は、同じ年に同じ人が併用できません。

対象薬の購入費だけでなく、健康診断などの要件も含めて比較します。

家族間で同じ医療費を二重に申告することもできません。

制度と手続きの確認先

制度とサービスの確認日:2026年9月23日。

ABOUT ME
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ふかちゃん
マネーライフハック編集長。証券会社で個人向け金融サービスに従事した経験をもとに、2004年より金融・投資・クレジットカード・節約・ポイント活用に関する情報を発信しています。2011年からMoneyLifehackを運営し、2018年3月には月間200万PVを達成。金融サービスの提供側ではなく、利用者目線で実際に使って検証した一次情報をもとに、家計改善に役立つ情報を分かりやすくお届けしています。
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