iDeCoの年末調整と確定申告の方法【2026年】証明書の時期と記入欄

iDeCoの掛金を自分の口座から払っている会社員は、勤務先の年末調整で小規模企業共済等掛金控除を申告できます。
給与天引きの「事業主払込」は、給与計算で控除を受けるため、同じ掛金を重ねて申告しないようにします。

年末調整の前に確認する順番

iDeCoは「払った掛金の全額」が所得控除の対象

小規模企業共済等掛金控除は、その年に支払った対象掛金の全額を所得から差し引く仕組みです。
iDeCoの口座残高や投資信託の評価額を記入するものではありません。

たとえば、月1万円を1月から12月まで毎月払い込んだ場合は、次の計算です。

1万円 × 12回＝年間掛金12万円
所得から差し引く金額：12万円

12万円がそのまま返金されるわけではありません。
税負担がどの程度軽くなるかは、所得、他の控除、適用税率によって変わり、もともと所得税や住民税がかからない場合は税額軽減につながりません。

掛金の払い方	必要な確認
個人払込本人の口座から引き落とし	国民年金基金連合会の「小規模企業共済等掛金払込証明書」を使い、年末調整で申告する。
事業主払込給与から天引き	勤務先が給与計算で控除を処理する。同じ掛金を保険料控除申告書へ重ねて記入しない。
年末調整を受けない人	個人事業主などは、確定申告で支払掛金を申告する。

給与明細だけで払い方が分からない場合は、勤務先かiDeCoの運営管理機関へ確認します。
生命保険の「個人年金保険料控除」とiDeCoは別の制度です。

2026年分の一括発行は、ハガキが10月23日発送予定、電子データが10月21日から順次発行という日程です。
発送日と到着日は異なります。

毎月同額を払う人で、初めての引き落としが10月以降になった場合は、次の追加発行が目安になります。

この表は「毎月定額」の初回払込月で見た予定です。
月ごとに払込月を指定する年単位拠出は、登録時期や払込予定によって対象が異なります。
年内の初回拠出が10月以降でも一括発行の対象になる場合があるため、公式の発行日程で確認します。

また、掛金変更や引き落とし不能で合計額が変わった場合にも、追加の証明書が発行されます。
紛失時は運営管理機関へ再発行を依頼できますが、即日発行とは限りません。

紙の「令和8年分給与所得者の保険料控除申告書」では、右下の「小規模企業共済等掛金控除」を使います。
種類欄の「確定拠出年金法に規定する個人型年金加入者掛金」の行へ、証明書の合計金額を記入します。

個人払込の申告手順

1 証明書を確認

対象年、本人の氏名、払込済額と年末までの予定額を確認。

2 iDeCoの欄に記入

保険料控除申告書の「個人型年金加入者掛金」に合計額を記入。

3 勤務先へ提出

証明書を添えて社内期限までに提出。電子申告は勤務先の方式に従う。

同じ枠に小規模企業共済や企業型年金加入者掛金などの欄もあります。
iDeCoだけを払っている場合は、個人型年金の行と合計欄に金額を記入し、他の種類へ重ねて記入しないようにします。

証明書に年末までの「払込予定額」が含まれる場合は、その後も予定どおり引き落とされたか確認してください。
残高不足などで実際の払込額が減ったときは、勤務先へ連絡し、年末調整の訂正や確定申告などで正しい額へ直します。

e-iDeCoサービスでは控除証明書の電子データを受け取れます。
公式の利用手引きに沿って利用登録し、マイナポータルとの連携を使う場合はe-私書箱のアカウントと連携も設定します。
勤務先が電子データを受け付けるか、対応ファイル形式は何かを先に確認すると、やり直しを減らせます。

提出方法	証明書の扱い
勤務先の電子年末調整	勤務先が対応する方法でXMLなどの電子データを渡す。マイナポータル連携の利用可否も勤務先で確認。
紙の年末調整、書面の確定申告	紙の証明書を使う。XMLから書類を作る場合は、国税庁の「QRコード付証明書等作成システム」を利用。
e-Taxの確定申告	マイナポータル連携などでデータを取り込む。電子データが取れなくても、紙の証明書の内容を入力して申告できる。